Onder het bijna 20-jarig directeurschap van Ed de Heer heeft Museum Het Rembrandthuis zich stormachtig ontwikkeld en heeft het gebouw een ware metamorfose ondergaan. Een nieuwe vleugel werd in mei 1998 geopend, en de atelierwoning van Rembrandt werd ingrijpend gerestaureerd en wetenschappelijk onderbouwd gereconstureerd. Het museum geeft thans een overtuigend en inspirerend beeld van de woon- en werkomgeving van één van ’s werelds beroemdste kunstenaars.

De collectie van het Rembrandthuis bestond tot 1990, het jaar waarin Ed de Heer tot directeur werd benoemd, vrijwel uitsluitend uit prenten van Rembrandt. Al kort na zijn aantreden werd een begin gemaakt met het aanleggen van nieuwe, Rembrandtgerelateerde deelverzamelingen, zoals kopieën en posthume bewerkingen van zijn prenten, reproductiegrafiek en werk van voorlopers, tijdgenoten en navolgers. Sinds 2000 richt het museum zich ook op het verwerven van grafisch werk van hedendaagse kunstenaars.
Naast werken op papier werden, ten behoeve van de inrichting van het gereconstrueerde interieur van het Rembrandthuis, ook kunstnijverheid en schilderijen verzameld. Hieronder bevinden zich de schilderijen van de zogenaamde pre-Rembrandtisten, waarvan het museum thans een representatief ensemble bezit.

Naar schatting werden zo’n 2500 werken door Ed de Heer verworven. Een aanzienlijk deel hiervan betreft schenkingen. Aankopen werden gefinancieerd door inkomsten uit de organisatie van reizende tentoonstellingen, waarmee het museum aan het eind de van de jaren negentig is begonnen. Voor de verwerving van enkele belangrijke stukken, zoals de etsplaten van Rembrandt, werden financiële bijdragen ontvangen van fondsen, bedrijven en particulieren. Een uitgelezen keuze hieruit is vanaf 12 september te zien in de tentoonstellingszalen van het museum.